当天下午，中国外交部向和海军部发出抗议，强烈谴责当局派军舰公然进入中国领海，并打死、打伤、非法扣留中国公民，对中华帝国的国家尊严构成了严重挑衅，限令：一、无条件释放被扣留的中国公民。二、严惩肇事凶手。三，赔偿中国死伤者家属损失（具体数额待定）以上三款限令48小时内作出答复，否则中国将采取一切有力的必要措施挽回损失。
这一纸抗议书如一颗重磅炸弹一般投向了外务省，外务大臣加藤高明接到消息后，如坐针毡，鸟港事件表面上是一次偶然冲突，但是它就如同一滴小小的王水，让本就暗流涌动的中日关系出现漩涡，毕竟对方是强大的中华帝国，在尚未强大起来的时候，天知道紫禁城高高在上的光绪皇帝头脑一热会做出什么样的决定，但即使是一个不成熟的决定，都有可能对整个带来毁灭性的影响。
加藤高明越想越是害怕，拿着中国外交部的抗议书来见明治天皇。
此时，明治天皇正在位于东京中心地区的皇宫正殿“松之阁”里，与海军部的大臣们商议国事，话题的中心就是这次鸟港事件。加藤高明带来的消息给明治的坏心情又笼罩了一层阴影。
“这一次事件完全是海军部的失误，你们应当为这次事件产生的一系列后果负全部责任！”明治毫不留情的训斥道。
海军军令部长伊东佑亨面色铁青，显然对于天皇的问责心怀不满，但还是不停的点头道：“嗨！”
天皇越说越是生气：“我原本对你们交代的计划是什么，难道你们都忘记了吗？我让你们先行到中日有争议的海域进行试探性的挑衅，然后观察中国方面的反应，这是整个大帝国的国家战略，要发展，就必须西进，然而中国永远都是发展的最大的绊脚石。但是不得不承认以我国目前的实力，根本无法与强大的中国进行对抗，所以只能进行试探。中国正在忙于东方援助计划，他们的目光始终都在欧洲，对于脚下的那几座海岛不会抱有太大的重视，大海计划就是要从秘密侵占东海和南海的海岛开始，把我们的海上防御线向西扩展。本来这是一个非常完美的计划，可是你们呢，你们的海军士兵竟然敢打死打伤几十个中国人，还把剩余的中国船员全部拘禁了，你们是想给中国第二次侵略制造借口吗？混蛋！上天也不会饶恕你们的愚蠢行为！”
明治气的五内俱焚，不停的骂着海军部的这些高官们。伊东佑亨等了一会儿，咬了咬牙说道：“陛下，既然现在事情已经发展到了这种地步，我们惧怕是没有用的，帝国海军已经做好了一切准备。随时为天皇效忠。”
哗的一声，明治一把把眼前的木几掀翻在地，茶水泼洒了一地，他霍然站起身来，指着伊东佑亨说道：“亏你还是帝国海军部长，打算和中国开战之前你应该先看看我国的海军实力，就凭你现有的那几艘军舰有什么能力和强大的中国海军对抗，你难道忘了吗？中国海军即使是在实力不济的情况下还打败了当时世界上最强大的英国远东舰队，之后又令亚洲第一的俄国远东舰队全军覆没，何况人家现在有中华级、无畏级、定远级等这些超级战舰，还有世界上唯一一支潜艇部队，我们的那些军舰大部分还是在世界大战之前从欧洲购买来了，论火力、论性能、论数量都无法和中国战舰相提并论，我真不知道你们这些海军部的官员脑子里都在想些什么！”
整个松之阁内，除了明治的喝骂声，再也没有别的声音了，在场的高级官员们都噤若寒蝉，甚至不敢发出一点儿声响，在他们的心目中，天皇陛下一向都是一位优雅的绅士君主，从来没有见过他能发这么大的脾气。
伊东佑亨虽然嘴上不敢说什么，但是满腹的牢骚，认为天皇实在是过于畏惧中国人了，当年中国人能够在实力不济的时候打败英国舰队，那么为什么就不可能打败中国的海上力量呢，他决心有机会一定要亲自向天皇陛下做出证明。
正在这时，海军部的一名高级参谋官悄悄来到伊东佑亨身边，小声的对他说了几句话，伊东佑亨一听登时脸色大变，他轻轻来到余怒未消的天皇面前，小声的把刚才得到的消息一五一十向天皇做了禀报，明治越听越是心惊，到最后简直都不敢相信伊东佑亨说的都是真的，在这短短的一分钟之内，他的所有愤怒全都消泯的无影无踪，只是无力的摆了摆手。伊东佑亨不知道这代表着什么意思，正惊疑之间，明治最狂暴的声音吼道：“快从我的眼前滚开，这件事你要是处理不好，就去见天照大神吧！”
自从鸟港事件发生以后，嗅觉灵敏的国内媒体每天把外交部围得水泄不通，后来也不知道是从哪里得到的消息，先是北京早报以头版头条的方式刊发了一篇报道，题目就叫“军舰悍然侵入中国领海，血腥屠杀中国渔民！”这一则消息一经刊发，迅速在全国引起了轩然大波，紧接着申报，松江晚报，广州晚报，盛京时报等媒体纷纷转载了这则报道。海军侵入中国的消息如狂风暴雨一般，以不可阻挡之势迅速席卷了全国，各地的学校、工商业者联盟等等纷纷自发的组织起群众性的示威游行，抗议的暴行，强烈要求严惩，甚至在军队尤其是海军中影响更大，许多基层军官纷纷向海军部致信，要求军部对人采取果断措施。
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